防治此菌病采用控制减少菌源、选用抗病良种为主，化学防治为辅的综合防治措施。减少菌源彻底清除田间的病残株，带出田外深埋，以减少菌源，防止再侵染；实行秋翻地、深翻土地，把散落在地表上的菌源，深埋地下，减少初侵染源；施用腐熟厩肥或不施；轮作、倒茬，重病地段实行三年以上轮作，可与大豆等其它作物倒茬种植。选用抗病品种利用抗黑粉病自交系材料，配制杂交种用于生产。综3487系、803系、5005系等易感黑粉病，农大108、户单2000、农大81、郑958等品种较抗黑粉病。
化学防治在玉米出苗前对地表喷施杀菌作用的除莠剂；可用15%粉锈宁拌种，用药量为种子量的0.4%；在玉米快抽穗时，用1%的
波尔多液喷雾，有一定保护作用；在玉米抽穗前10天左右用50%福美双可湿性粉剂500-800倍喷雾，可以减轻黑粉病的再侵染。
加强栽培管理，合理密植避免偏施氮肥，灌溉要及时，特别在抽雄前后易感病阶段必须保证水分供应足，以及彻底防治玉米螟等均可减轻发病。
运用农业措施和药剂处理种子、土壤等，这只是停留在防治的水平上，不能从根本上解决菌源的危害，而利用玉米种质资源的遗传抗性，配制培育抗病品种，推广抗病良种，才是彻底解决黑粉病的根本途径。